A Páncélba zárt szellem főhőse az Őrnagy, a különleges erőknél szolgáló egyedi humán-kiborg hibrid, a 9-es Részleg nevű kommandós osztag vezetője. A legveszélyesebb bűnözők és szélsőségesek kiiktatására szakosodott 9-es Részleg egy olyan ellenséggel kerül szembe, amelynek egyetlen célja, hogy elpusztítsa a HankaRobotika kibertechnológia fejlesztéseit.