Évszázadok múlva a jövőben, Iron City roncstelepén egy kiber-doktor, Ido, rábukkan a magára hagyott, eszméletlen kiborglányra, Alitára, és magával viszi klinikájára. Magához térve, Alita képtelen felidézni, kicsoda ő, és a világról sincsenek ismeretei; minden új élményt jelent számára. Próbál hozzászokni új életéhez és Iron City veszedelmekkel teli utcáihoz, miközben Ido óvná őt rejtélyes múltjátó