Zion katonái, bátor önkéntesekkel az oldalukon kétségbeesetten harcolnak, hogy visszaverjék a gyilkos őrszemek támadását, amikor a géphadsereg fúrásai már-már a rejtekhelyük közelébe érnek. Nem csak saját életükért, de magáért az emberiség jövőjéért is küzdenek. Smith ügynök (Hugo Weaving), az immár öntudatra ébredt program kikerült a gépek ellenőrzése alól, és az a célja, hogy elpusztítsa a gépek