A 17. század derekán két portugál szerzetes érkezik a távoli és titokzatos Japánba, hogy Isten igéjét terjesszék a helyi lakosság között és megtalálják mentorukat, Cristóvão Ferreirát (Liam Neeson), akiről az a hír járja, hogy kínzás hatására megtagadta hitét. Az ifjú jezsuita, Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) és társa, Francisco Garrpe (Adam Driver) a szamurájok kegyetlen és egzotikus világá