Sonic, Knuckles és Tails összefognak egy veszélyes új ellenféllel, Shadow-val szemben, aki egy rejtélyes gonosztevő, és olyan ereje van, amilyennel még egyiküknek sem volt dolga. És mivel a Sonic csapat képességeit ez a kihívás minden szempontból meghaladja, keresniük kell egy váratlan szövetségest, hogy megállítsák Shadow-t, és megvédjék a bolygót.